המסילה בת 100 השנים מיפו לירושלים שופצה ושודרגה בקטע שבין נען לירושלים. תוואי המסילה בקטע שבין בית שמש לבר גיורא עובר לאורך שמורת נחל שורק באזור בעל רגישות נופית גבוהה ביותר.
הגנת הרכבת מפני דרדרת אבנים מהמצוק שבצידה נעשתה ע"י חיפוי המצוק במערכת "דרדרשת" של הדר. המדובר ברשת קלועה מפלדה מצופה אבץ בגילוון עבה המעוגנת למצוק באמצעות מסמרי סלע. באזורים בהם מצויים גושי סלע ענקיים ובלתי יציבים מתוכננת מערכת TECCO-רשתות פלדה במתיחה חזקה, זאת בעקבות ממצאי סקר גאולוגי שנערך באתר ועל פי הייעוץ של החברה השוויצרית גאוברוג, שמהנדסיה ביקרו באתר בהזמנת מתכנני הפרוייקט (מתכנן ראשי: ש. דקר גאולוג: מ. ירקוני, יועץ קרקע: ד. מכטה, אדר' נוף: מ. לרר).
בנוסף ביצעה ”הדר במקום שיקום נוף ע"י השחמת מצוקי החציבה הבוהקים בלבן וע“י זריעה בהתזה וכן בוצע ייצוב קרקע ע"י מערכת רצועות ייצוב מסוג גאוקו 20.
